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氣相臭氧作為高效、廣譜、無殘余污染的氣體消毒劑，比食品行業常用的化學消毒劑如：過氧乙酸、高錳酸鉀、甲醛 ( 福爾馬林 ) 、二氧化硫 ( 硫磺熏蒸 ) 等相比，其效果具有特殊的優越性。臭氧會自行分
解成氧氣而不產生殘余污染，消毒后不需要通風換氣。
臭氧與紫外線照射殺菌相比較，具有擴散性好、濃度均勻、無死角等特點，而紫外線對不能照射的地方無殺菌效果。在相對濕度 60% 以上時，紫外線殺菌效果急劇下降， 80% 濕度以上時反可誘使細菌復活。一般的情況下，水產品加工車間及冷藏庫內的濕度都比較大，而使用臭氧則濕度越大殺菌效果越好，對食品加工行業 80% 一 90 ％高濕度環境特別適合。
1、 冷庫消毒，冷庫的生物污染源主要是霉菌，因其在低溫條件下存活對消毒劑有較強的耐受力。甘肅生物科研所和蘭州大學合作，對蘭州地區冷庫的青霉菌作消毒劑篩選試驗，在甲醛、過氧乙酸、倉爾油和臭氧消毒效果對比中優選出臭氧。在臭氧 12ppm 作用下 3 — 4 小時，包括抵抗力極強的未萌動孢子皆被殺死。
冷庫除味應用臭氧效果極好，短時間內即可奏效。廣州 1 黃埔冷凍廠用臭氧去除魚變質臭味，一小時即完成。成都一家冷庫用臭氧去除魚庫的腥臭味后儲藏冰淇淋質量很好，其它消毒劑則達不到要求。
2、 食品加工車間的殺菌凈化，速凍食品，水產品加工及包裝車間，都有比較高的衛生要求，生產車間的微生物污染是影響產品質量的極重要因素。目前國內的加工車間大都采用紫外燈消毒，由于紫外法殺菌存在的缺點，加工品的微生物指標都很難控制，在夏季尤為嚴重。臭氧用于加工車間消毒效果很好，一般使用 0.5-1.0 ppm 即可達到 80% 以上的殺菌率，并可有效的去除車間異味。
原天津外貿冰凍廠，加工海產品，腸衣等氣味嚴重的車間，都使用臭氧除味非常有效，每天開機 1 小時，細菌殺滅率達到 91 。 3% ，產品合格率大幅度提高。
煙臺外貿冷藏二廠多年來在加工。包裝車間及更衣室使用了臭氧消毒，保證了車間的衛生條件，提高了加工水產品質量。
